Institut for Fysik har i tidens løb stået fadder til flere start-up virksomheder, bl.a. inden for Amminix, Advalight Computational materials Design Aps, computersimulering, optik og bioteknologi. Instituttet lægger også stor vægt på samarbejdet med nogle af Danmarks mest forskningsorienterede virksomheder - herunder Haldor Topsøe A/S, Novo Nordisk A/S, Danfoss A/S, m.v. Disse samarbejder involverer en betydelig videnudveksling mellem instituttet og industrien, en videnudvekslen der bl.a. kan dokumenteres via fælles publikationer og fælles ph.d.-projekter.
CAMD har længe haft et nært samarbejde med Topsøe om udviklingen af nye katalysematerialer, og gruppen har også et samarbejde både med Danfoss og med Novo. Samarbejdet med Topsøe har bl.a. manifesteret sig i Forskerskolen i Nanoscience. Medarbejdere ved CAMD anmelder løbende patenter - primært vedrørende katalyser og forskellige aspekter af brintteknologi
Samarbejdet med industrien er primært baseret på fælles projekter (herunder fælles ph.d.-projekter). I sådanne projekter udvikles mange idéer, som kan styrke forskningen og undervisningen og samtidig bidrage til virksomhedernes økonomiske konkurrenceevne. Instituttet satser på at udvide sin kontaktflade til industrien i de kommende år.